Aangeplante naaldbossen, met vooral grove dennen en in mindere mate met lork, Corsicaanse den en fijnspar domineren reeds lang grote stukken van het Heidebos.

In deze monotone aanplantingen heeft Natuurpunt dunningen uitgevoerd.

Hierdoor kan meer licht op de bodem zorgen voor het opschieten van jonge loofbomen en struiken. Geleidelijk aan evolueert het bos dan naar een natuurrijk loofbos.

Een van de opvallendste planten in het Heidebos is de adelaarsvaren. Op sommige plaatsen vormt de plant een aaneengesloten, manshoge en ondoordringbare wildernis. De varen vormt ondergronds een groot en sterk vertakt netwerk van uitlopers en kan zo allerlei terreinen koloniseren. Sommige botanici vermoeden dat zo een vegetatie eigenlijk uit één of enkele individuen bestaat. De adelaarsvaren zou zo één van de grootste levende organismen op aarde kunnen zijn. In het Heidebos koloniseerde de adelaarsvaren ook enkele open heideterreinen.

Sinds enkele jaren worden door de vrijwilligers en de terreinploeg jaarlijks de 'adelaarsvarenweide' gemaaid. Hierdoor kon opnieuw heidevegetatie ontwikkelen. Jaar na jaar vermindert de groei van de adelaarsvaren. Herstel van de heide blijkt dus mogelijk.